ルート分岐について
- 特定の条件を満たしていると第４９話クリア後選択肢が発生する（ポイント制）
- 運命を受け入れる・・・通常ルート
- 運命に抗う・・・ＩＦルート
- ＩＦルートでは各作品の原作とは異なるストーリーを体験することができる
- 選択肢が発生しない場合は、通常ルート固定
- １周目は下記から５つ達成、２周目はポイント関係なく選択肢発生
ポイント加算条件
| シナリオ | ポイント獲得条件 |
| １９話「つながる絆」 | ４ターン以内に第６の使徒を撃墜 |
| ２１話「永遠の円舞曲」 | 前半マップヒイロのみで五飛を撃墜 |
| ２７話「涙の行方」 | ジンでカグラと戦闘 |
| ２７話「堕ちた巨人」 | ジンでカグラと戦闘 |
| ３６話「故郷に舞う風」 | 刹那かヒイロで五飛を説得 |
| ３７話「フィフス・ルナ攻防戦」 | シャア撃墜 |
| ３７話「グーラの願い」 | 正太郎でグーラを２回説得する |
| ３９話「灯火を集めて」 | 正太郎とグーラが互いに援護攻撃を行い、かつグーラが敵を３機撃墜 |
| ３９話「触れえざる者」 | キリコのみでテイタニアを撃墜 |
| ４０話「ラプラスの残骸」 | ダグザを生存させる |
| ４１話開始前 | 「シャアを信じる」を選択する |
| ４３話「奈落への入り口」 | 正太郎でグーラを説得する |
| ４５話クリアまで | マリーダ、クェス、ギュネイの合計撃墜数が２２５以上 |
| ４７話「生命の選択」 | 「３号機と戦う」を選択する |
| ４７話「アタリとハズレ」 | ミコノ、ゼシカが敵と戦闘 |
| ４８話「重力の井戸の底で」 | バナージでロニを撃墜 |
| ４９話「開かれる扉」 | ガトライト撃墜 |
赤文字はルート分岐中のシナリオを表す
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