改造を引き継ぐ機体
元の機体は残る
| 元の機体 | 引継ぎ後 | 話数 |
| Ｍ９ ガーンズバック（宗介） | ＡＲＸ‐７ アーバレスト | 第８話で入手 |
| ＡＲＸ‐７ アーバレスト | ボン太くん | 第９・１７・４２話でスポット参戦 |
| ブラックゲッター | 真ゲッター | 第３４話で入手 |
| VF-25FメサイアF・TP | YF-29デュランダルF・SP | 第４９話で入手 |
| ダブルオーライザー | ダブルオークアンタ | 第４９話で入手 |
| グレンラガン | 超銀河ダイグレン | 第５８話で入手 |
| グレンラガン | 超銀河グレンラガン | 第５８話で入手 |
元の機体は残らない
| 元の機体 | 引継ぎ後 | 話数 |
| リーオー（ヒイロ） | ウイングガンダムゼロ | 宇宙ルート第１３話で入手 |
| リーオー（デュオ） | ガンダムデスサイズヘル | 宇宙ルート第１３話で入手 |
| エヴァンゲリヲン零号機 | エヴァンゲリヲン零号機（改） | 第１９話クリア後に入手 |
改造を引き継がない機体
| 元の機体 | 引き継がない機体 | 話数 |
| リゼル（リディ） | デルタプラス | 宇宙ルート第１２話クリア後入手 |
| リゼル（カミーユ） | Ｚガンダム | 第２５話攻略中に入手 |
| リ・ガズィ | νガンダム | 宇宙ルート第３７話攻略中に入手 |
改造資金払い戻し機体
| 改造資金払い戻し機体 | 払い戻し時期 |
| ヤクト・ドーガ（ギュネイ） | 第４６話「残された時間」クリア後 |
| ヤクト・ドーガ（クェス） | 第４６話「残された時間」クリア後 |
| クシャトリヤ | 第４６話「残された時間」クリア後 |
| スペースキングキタン | 第５９話「決戦の銀河」クリア後 |
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